• Facebook
  • linkedin
  • Youtube

A SARS-CoV-2 megjelenése B.1.1.7. Leszármaztatás

Egyesült Államok, 2020. december 292021. január 12

Summer E. Galloway, PhD 1;Prabasaj Pál, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, PhD

2021. január 15-én ezt a jelentést MMWR-ként tették közzéKorai kiadás az MMWR honlapján (https://www.cdc.gov/mmwr).

2020. december 14-én az Egyesült Királyság jelentettea SARS-CoV-2 aggodalomra okot adó változata (VOC), B.1.1.7.más néven VOC 202012/01 vagy 20I/501Y.V1.*A B.1.1.7 változat a becslések szerint szeptemberben jelent meg2020 és gyorsan a domináns keringővé váltA SARS-CoV-2 változat Angliában (1).B.1.1.7több mint 30 országban észlelték, köztük az Egyesült Államokban.Mint2021. január 13-án körülbelül 76 B.1.1.7.12 amerikai államban észlelték.Több sor bizonyítékazt jelzik, hogy a B.1.1.7 átvitel hatékonyabb, mint amennyiegyéb SARS-CoV-2 változatok (13).A modellezett pályájaez a változat az Egyesült Államokban gyors növekedést mutat 2021 elején,márciusban vált az uralkodó variánssá.MegnövekedettA SARS-CoV-2 terjedése fenyegetheti az egészségügyi ellátástkiterjesztett és szigorúbb végrehajtást igényela közegészségügyi stratégiák (4), és növelje a százalékos arányátlakossági immunitás szükséges a járvány elleni védekezéshez.Fogadásaz átvitel csökkentését célzó intézkedések csökkenthetik a potenciálta B.1.1.7 hatását, és hagyjon kritikus időt a vakcina mennyiségének növelésérelefedettség.Együttesen, fokozott genomi felügyelethatékony nyilvánosságnak való folyamatos megfeleléssel kombinálvaegészségügyi intézkedések, beleértve az oltást, a fizikai távolságtartást,maszkok használata, kézhigiénia, valamint elkülönítés és karanténelengedhetetlen a SARS-CoV-2, a vírus terjedésének korlátozásáhozamely a 2019-es koronavírus-betegséget (COVID-19) okozza.Stratégiaitünetek nélküli, de nagyobb kockázattal rendelkező személyek vizsgálatafertőzés, például azok, akik SARS-CoV-2 fertőzésnek vannak kitéve, vagy akiknek vangyakori elkerülhetetlen érintkezés a nyilvánossággal, biztosít egy másiklehetőség a folyamatos terjedés korlátozására.

Globális genomikai megfigyelés és gyors nyílt forráskódú megosztásA vírusgenom szekvenciák közel valós idejű vizsgálata megkönnyítettea fejlődő SARS-CoV-2 észlelése, összehasonlítása és nyomon követéseváltozatok, amelyek tájékoztathatják a közegészségügyi erőfeszítéseket, hogy ellenőrizzék avilágjárvány.Míg bizonyos mutációk a vírusgenombanfelbukkannak, majd visszahúzódnak, mások szelektív előnyt nyújthatnaka változathoz, beleértve a fokozott átviteli képességet, hogyegy ilyen változat gyorsan uralhatja a többi keringő változatot.

A pandémia korai szakaszában a SARS-CoV-2 változataia tüske (S) fehérje D614G mutációja, amely megnövekszika receptorkötési aviditás sokaknál gyorsan dominánssá váltföldrajzi régiók (5,6).2020 késő őszén több ország számolt be észlelésrőlSARS-CoV-2 változatok, amelyek hatékonyabban terjednek.Továbbáa B.1.1.7 változathoz a figyelemre méltó változatok közé tartozik a B.1.351leszármazást először Dél-Afrikában észleltek, és a közelmúltban azonosítottákB.1.1.28 alklád (átnevezve"P.1) négy utazónál észleltékBrazíliából rutin vetítés során a Hanedában (Tokió)repülőtér.§ Ezek a változatok genetikai mutáció konstellációját hordozzákionok, beleértve az S-fehérje-receptor-kötő domént,ami elengedhetetlen a gazdasejthez való kötődéshez angiotenzin-enzim-2 (ACE-2) receptor konvertálása a vírus elősegítésérebelépés.A bizonyítékok arra utalnak, hogy ezekben más mutációkat is találtakváltozatok nemcsak megnövelt átvihetőséget, hanembizonyos valós idejű diagnosztikai műveletek teljesítményét is befolyásolhatjafordított átíráspolimeráz láncreakció (RT-PCR)vizsgálatokés csökkenti a semlegesítő antitestekkel szembeni érzékenységet(2,3,510).Egy friss esetjelentés dokumentálta az első esetetSARS-CoV-2 újrafertőződés Brazíliában egy SARS-CoV-2 variánssalamely tartalmazta az E484K mutációt**, amelyet kimutattakhogy csökkentse a semlegesítést lábadozó szérumok és monoklonálisantitestek (9,10).

Ez a jelentés a B.1.1.7 változat megjelenésére összpontosítaz Egyesült Államokban.2021. január 12-től sem aA B.1.351 és a P.1 variánsokat sem mutatták ki aEgyesült Államok.További információ a feltörekvő SARS-CoV-2-rőla CDC egy weboldalt tart fenntájékoztatást nyújt a SARS-CoV-2 új változatairól.††

 B.1.1.7 származás (20I/501Y.V1)

A B.1.1.7 variáns mutációt hordoz az S fehérjében(N501Y), amely befolyásolja a receptorkötés konformációjáttartomány.Ez a változat 13 másik B.1.1.7 vonalat meghatározó mutációt tartalmaz (táblázat), amelyek közül több az S fehérjében található,beleértve a deléciót a 69. és 70. pozícióban (del6970) aztspontán módon fejlődött ki más SARS-CoV-2 variánsokban, és azfeltételezett, hogy növeli a transzmissibilitást (2,7).A törlésa 69. és 70. pozícióban S-gén célpont-kudarcot okoz (SGTF)legalább egy RT-PCR-benalapú diagnosztikai vizsgálattal (azaz aThermoFisher Taq Path COVID-19 teszt, a B.1.1.7 varihangya és más változatok a del69-el70 negatívat produkáleredmény az S-gén célpontra, és pozitív eredmény a másik kettőrecélpontok);Az SGTF meghatalmazottként szolgált az Egyesült Királyságbana B.1.1.7 esetek azonosítására (1).Számos bizonyíték utal arra, hogy a B.1.1.7 többhatékonyan továbbítják a többi SARS-CoV-2-höz képestaz Egyesült Királyságban keringő változatok.Az Egyesült Királyság régióibana B.1.1.7 szekvenciák nagyobb hányadánál gyorsabb volt a járványnövekedés, mint más területeken, nőtt az SGTF-es diagnózisok számagyorsabb, mint a nem SGTF diagnózisok ugyanezeken a területeken, és anagyobb arányban fertőződtek meg az indexes betegekB.1.1.7 fertőzéssel, mint a fertőzött indexű betegeknélegyéb változatok (1,3).A B.1.1.7 változatnak megvan a lehetősége arra, hogy növelje az Egyesült Államokban elfoglalt helyétdemikus pálya a következő hónapokban.Ennek a hatásnak a szemléltetéséreegyszerű, kétváltozatos rekeszes modellt fejlesztettek ki.A B.1.1.7 jelenlegi amerikai prevalenciája az összes keringő közöttvírusok száma nem ismert, de a feltételezések szerint <0,5% akorlátozott számú észlelt eset és SGTF-adatok (8).MertA modellben a kezdeti feltételezések a B.1.1.7 prevalenciát tartalmaztákaz összes fertőzés 0,5%-a, a SARS-CoV-2 immunitás10%-os korábbi fertőzés30%, egy időben változó szaporodás1,1-es szám (R t ) (mérsékelt, de növekvő átvitel)vagy 0,9 (csökkenő átvitel) a jelenlegi változatoknál, és 100 000 főre számítva naponta 60 esetet jelentenek2021. január 1. Ezek a feltételezések nem tükrözik pontosanbármely egyes egyesült államokbeli helyet, hanem inkább egy általánosítást jelezországszerte jellemző feltételek.Az R t változása végea szerzett immunitásból és a növekvő prevaa B.1.1.7 lencsét modellezték, a B.1.1.7 R t feltételezésévelalapján a jelenlegi változatok R t értékének 1,5-szeresének állandóaz Egyesült Királyságból származó kezdeti becslések (1,3).Ezt követően modellezték a vakcinázás lehetséges hatásátfeltételezve, hogy 1 millió vakcina adagot adtak be per2021. január 1-jével kezdődő nap, és ez a 95%-os mentesség14 nappal a 2 adag bevétele után érte el.Kimondottan,fertőzés elleni immunitás akár a jelenlegi változatokkal, akár aB.1.1.7 változatot feltételeztünk, bár a hatékonyság ésa fertőzés elleni védelem időtartama továbbra is bizonytalan,mert nem ezek voltak a klinikai vizsgálatok elsődleges végpontjaa kezdeti oltásokhoz.Ebben a modellben a B.1.1.7 prevalencia kezdetben alacsony, mégis azértjobban átvihető, mint a jelenlegi változatok, azt mutatjagyors növekedés 2021 elején, és ez lett az uralkodó varihangya márciusban (1. ábra).Akár az áram átvitelérőlváltozatok növekszik (kezdeti R t = 1,1) vagy lassan csökken(kezdeti Rt = 0,9) januárban a B.1.1.7 lényeges változást eredményezaz átviteli pályán és az exponenciális új szakaszábannövekedés.A fertőzés ellen védő oltással aA korai járványpályák nem változnak, és a B.1.1.7még mindig előfordul (2. ábra).A B.1.1.7 után azonban adomináns változata, átvitele lényegesen csökkent.Az oltás hatása a közeli fertőzés csökkentéséreabban a forgatókönyvben volt a legnagyobb, amelyben az átvitel történtmár csökken (kezdeti R t = 0,9) (2. ábra).Korai erőfeszítések, hogykorlátozhatja a B.1.1.7 változat terjedését, mint például az univerzális illa közegészségügyi hatáscsökkentési stratégiáknak való fokozott megfelelés,több időt hagy a folyamatos vakcinázásra, hogy magasabb legyenpopulációs szintű immunitás.

Vita

Jelenleg nincs ismert különbség a klinikai eredmények közöttkapcsolódó SARS-CoV-2 variánsokhoz;azonban,a nagyobb átviteli arány több esethez vezet, ami növekszikazon személyek száma összességében, akiknek klinikai ellátásra van szükségük, exacera már amúgy is feszült egészségügyi rendszerre nehezedő terhek leküzdése,és több halálesetet okoz.Folyamatos genomi felügyeleta B.1.1.7 esetek azonosítására, valamint egyéb esetek felbukkanásáraváltozatai aggodalomra ad okot az Egyesült Államokban, fontos aCOVID-19 közegészségügyi válasz.Míg az SGTF eredményesegíthet azonosítani a potenciális B.1.1.7 eseteket, amelyek megerősíthetőkszekvenciálással, azonosítva azokat a prioritást élvező változatokat, amelyek nem jelennek megAz SGTF kizárólag a szekvenciaalapú felügyeletre támaszkodik.

 

 

 

Változat megnevezése

Első azonosítás  

Jellegzetes mutációk

(fehérje: mutáció)

Jelenlegi sorrendben megerősített esetek száma száma

országokban

sorozatok

Elhelyezkedés Dátum Egyesült Államok Világszerte  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Egyesült Királyság 2020. szept ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Dél-Afrika 2020. okt ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S: K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazília és Japán 2021. jan ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Rövidítések: del = törlés;E = burokfehérje;N = nukleokapszid fehérje;ORF = nyitott olvasási keret;S = tüskefehérje.

Az Egyesült Királyságban szerzett tapasztalatok és a B.1.1.7 modelleke jelentésben bemutatott hatást egy fertőzőbbváltozat lehet az esetek számában egy populációban.Aennek a változatnak a megnövekedett átviteléhez még többre van szükséga vakcinázás és a mérséklés szigorú kombinált végrehajtásaintézkedések (pl. távolságtartás, maszkolás és kézhigiénia)a SARS-CoV-2 terjedésének megfékezésére.Ezek az intézkedések lesznekhatékonyabb, ha előbb, mint utóbb bevezetika B.1.1.7 változat kezdeti terjedésének lassítására.Erőfeszítésekfelkészíti az egészségügyi ellátórendszert a további ugrásszerű esetekreindokolt.A megnövelt transzmisszió azt is jelenti, hogy magasabba vártnál magasabb oltási lefedettséget kell elérniugyanolyan szintű járványügyi védekezés elérése a lakosság védelme érdekébena kevésbé átvihető változatokhoz képest.Együttműködésben tudományos, ipari, állami, területi,törzsi és helyi partnerek, CDC és más szövetségi ügynökségekkoordinálják és fokozzák a genomikus felügyeletet ésvíruskarakterizálási erőfeszítések az Egyesült Államokban.CDCkoordinálja az Egyesült Államok szekvenálási erőfeszítéseit a SARS-CoV-2-n keresztülSorrend a közegészségügyi vészhelyzeti reagáláshoz,Epidemiológia és felügyelet (SPHERES)§§konzorcium,amely körülbelül 170 részt vevő intézményt foglal magában, és támogatja a nyílt adatmegosztást a SARS-CoV-2 használatának megkönnyítése érdekébenszekvencia adatok.A SARS-CoV-2 vírus evolúciójának nyomon követésére a CDC azsokrétű genomi megfigyelés megvalósítása, hogy megértsükepidemiológiai, immunológiai és evolúciós folyamatokamelyek formálják a vírus törzsfejlődését (filodinamika);útmutató járványvizsgálatok;és megkönnyíti az észlelést és jellemzésta lehetséges újrafertőződések, a vakcina áttöréses esetei éskialakuló vírusváltozatok.2020 novemberében megalakult a CDCaz Országos SARS-CoV-2 törzsfigyelő (NS3) programa hazai SARS-CoV-2 reprezentativitásának javításasorozatok.A program 64 amerikai közönséggel működik együttegészségügyi laboratóriumok a genomikai felügyeleti rendszer támogatására;Az NS3 emellett SARS-CoV-2 minták gyűjteményét is építi aszekvenciák a közegészségügyi válasz támogatására és a tudományoskutatás az érintett mutációk hatásának értékeléséremeglévő javasolt orvosi ellenintézkedések.A CDC rendelkeziktöbb nagy kereskedelmi klinikai laborral is szerződötttöbb tízezer SARS-CoV-2 gyors szekvenciájátpozitív példányokat minden hónapban, és hét akadémiát finanszírozottintézményeket, hogy partnerségben végezzék a genomikai megfigyelésta közegészségügyi hivatalokkal, ezáltal jelentősen növelveidőben elérhető genomikai megfigyelési adatok a világ minden részérőlAz Egyesült Államok.A nemzeti kezdeményezések mellettszámos állami és helyi közegészségügyi ügynökség sorra veszi

1. ÁBRA A jelenlegi SARS-CoV-2 változatok és a B.1.1.7 változat szimulált eset-előfordulási trajektóriái*,feltételezve, hogy nincs közösségi védőoltásés vagy a kezdeti Rt = 1,1 (A), vagy a kezdeti Rt = 0,9 (B) a jelenlegi változatoknálEgyesült Államok, január2021. április

 

1.ábra
2. ábra
rövidítések
1.ábra

SARS-CoV-2, hogy jobban megértsük a helyi epidemiológiát éstámogatja a járványra adott közegészségügyi választ.A jelentés megállapításaira legalább három korlát vonatkoziktások.Először is, a transzmisszió növekedésének mértékeaz Egyesült Államokban megfigyelthez képestAz Egyesült Királyság továbbra is tisztázatlan.Másodszor, a prevalenciájaAz Egyesült Államokban a B.1.1.7 jelenleg szintén ismeretlen, dea változatok kimutatása és a prevalencia becslése javulni fogfokozott amerikai megfigyelési erőfeszítésekkel.Végül helyi mitigaAz intézkedések szintén nagyon változóak, ami eltérésekhez vezetR t .Az itt bemutatott konkrét eredmények szimulákon alapulnakjanuár 1-jét követően nem változnak a mérséklések.A B.1.1.7 változat háborújának megnövekedett átvihetőségea közegészségügyi stratégiák szigorú végrehajtását kéricsökkenti az átvitelt és csökkenti a B.1.1.7 lehetséges hatását,kritikus idő vásárlása az oltottság növelése érdekében.CDCmodellezési adatok azt mutatják, hogy az univerzális használata és fokozott kompliA mérséklő intézkedések és a vakcinázás kulcsfontosságújelentősen csökkenti az új esetek és halálozások számátkövetkező hónapokban.További személyek stratégiai tesztelése anélkülCOVID-19 tünetei, de akiknél fokozott a kockázataSARS-CoV-2 fertőzés, újabb lehetőséget kínál arrakorlátozza a folyamatos terjedést.Együttesen, fokozott genomi megfigyeléslándzsa a közegészségügynek való fokozott megfeleléssel kombinálvaenyhítő stratégiák, beleértve az oltást, a fizikai távolságotmaszkok használata, kézhigiénia, elkülönítés és karantén,elengedhetetlen lesz a SARS-CoV-2 terjedésének korlátozásához ésa közegészségügy védelme.

Köszönetnyilvánítás

A Népegészségügyi Vészhelyzeti Sorozat tagjaiReagálási, epidemiológiai és felügyeleti konzorcium;állami és helyiközegészségügyi laboratóriumok;Népegészségügyi Laboratóriumok Szövetsége;CDC COVID-19 reagálócsapat;Légúti vírusok ága,Division of Viral Diseases, CDC.Committee of Medical Journal Editors űrlap a lehetséges feltáráshozösszeférhetetlenség.Lehetséges összeférhetetlenséget nem tártak fel.

Hivatkozások

1. Közegészségügy Anglia.A SARS-CoV-2 új változatának vizsgálata: aggodalomra okot adó változat, 202012/01, 3. technikai tájékoztató. London, Egyesült Királyság: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP és munkatársai.A ΔH69/V70 SARS-CoV-2 tüskék deléciójának ismétlődő megjelenése és átvitele.bioRxiv[Preprint közzétéve online 2021. január 14-én].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M és mtsai.A SARS-CoV-2 B.1.1.7 vonal átvitele Angliában: epidemiológiai és genetikai adatok összekapcsolásából származó betekintés.medRxiv [Preprint online közzétéve 2021. január 4-én].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA és munkatársai;A CDC COVID-19-reagáló csapata.A SARS-CoV-2 magas szintű közösségi átvitelének és a kapcsolódó haláleseteknek a kezelésére szolgáló közegészségügyi stratégiákra vonatkozó útmutatás összefoglalása, 2020. december. MMWR Mortal Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15586/49mmwr.2
5. Volz E, Hill V, McCrone JT és társai;COG-UK Konzorcium.A SARS-CoV-2 tüskemutáció D614G átviteli képességre és patogenitásra gyakorolt ​​hatásának értékelése.Cell 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S és munkatársai;Sheffield COVID-19 Genomics Group.A SARS-CoV-2 tüske változásainak követése: bizonyíték arra, hogy a D614G növeli a COVID-19 vírus fertőzőképességét.Sejt
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S és mtsai.A SARS-CoV-2 spike glikoprotein természetes deléciói az antitestek kiszökését eredményezik.bioRxiv [Preprint online közzétéve: 2020. november 19.].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S génkiesési mintázatok a SARS-CoV-2 tesztekben a H69del/V70del mutáció elterjedésére utalnak az Egyesült Államokban.medRxiv [Preprint online közzétéve: 2020. december 30.].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F és mtsai.Menekülés a SARS-CoV-2 tüskeprotein variánsai által semlegesítő antitestek elől.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.A SARS-CoV-2 receptorkötő domén mutációinak átfogó feltérképezése, amelyek befolyásolják a poliklonális humán szérum antitestek általi felismerést.bioRxiv [Preprint online közzétéve 2021. január 4.].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Feladás időpontja: 2021.02.11