A PCR reakció kiemelkedő tulajdonsága a nagy amplifikációs kapacitás és a rendkívül nagy érzékenység.A PCR teljesítményének és detektálási hatékonyságának javítása érdekében elkötelezettek vagyunk a PCR amplifikációs kapacitás és a detektálási érzékenység javítása mellett, de a fejfájás a kísérlet folyamatában van.Gyakran előfordulnak téves pozitív eredmények, és nagyon kis mennyiségű minta keresztszennyeződése vagy PCR-termék-szennyeződése téves pozitív eredményt okozhat a kísérletben.
Öt típusú PCR-termék szennyeződés
A PCR-szennyeződésnek számos oka van, amelyek nagyjából a következő kategóriákra oszthatók:
A minta szennyeződését elsősorban a minta gyűjtésére szolgáló edény szennyeződése okozza, vagy a minta elhelyezésekor a laza tömítés miatt kiszivárog a tartályból, vagy a minta a tartály külsejére tapad, ami keresztszennyeződést okoz;A szennyeződés a minták közötti szennyeződéshez vezet;egyes mikrobiális minták, különösen a vírusok aeroszolokkal terjedhetnek, vagy aeroszolokat képezhetnek, ami kölcsönös szennyeződést eredményezhet.
Ennek fő oka, hogy a PCR reagensek készítése során a mintapisztoly, tartály, kétszer desztillált víz és egyéb oldatok szennyeződnek a PCR nukleinsav templáttal.
A molekuláris biológiai laboratóriumokban és egyes laboratóriumokban, amelyek klónozott plazmidokat használnak pozitív kontrollként, a klónozott plazmidok szennyeződésének problémája is gyakori.Mivel a klónozó plazmid tartalma egységnyi térfogatban meglehetősen magas, és a tisztítási folyamathoz több eszközre, reagensre van szükség, illetve az élő sejtekben lévő plazmid nagy valószínűséggel szennyezett lesz az élő sejtek erős növekedési és szaporodási képessége miatt.
Az amplifikált termékek szennyeződése a leggyakoribb szennyeződési probléma a PCR reakciókban.Mivel a PCR-termék kópiamennyisége nagy (általában 1013 kópia/ml), ami jóval meghaladja a PCR-detektálási kópiaszám határát, nagyon kis mennyiségű PCR-termék szennyeződés téves pozitív eredményt okozhat.
Az aeroszolszennyezés a PCR-termékek szennyeződésének legvalószínűbb formája, és ezt a legkönnyebb figyelmen kívül hagyni.A folyadék felülete és a levegő közötti súrlódás következtében jön létre.Általában aeroszolos szennyeződés képződhet a fedél kinyitásakor, a minta leszívásakor, vagy még akkor is, ha a reakciócsövet erőteljesen rázatják.A számítások szerint egy aeroszol részecske 48 000 példányt tartalmazhat, így az általa okozott szennyezés külön figyelmet érdemlő probléma.
A tesztelő laboratóriumok gyakran ugyanazt a primerpárt használják egy bizonyos gén tesztelésére.Idővel nagy mennyiségű PCR-termék szennyeződik a laboratóriumi térben.Ha egyszer ilyen szennyeződés megtörténik, azt nehéz rövid időn belül megszüntetni.
Az első három típusú szennyezésnél hatékony eszközökkel tudjuk elkerülni, de a PCR-termékek okozta szennyezést nehéz megelőzni, különösen a nem szabványos PCR laboratóriumok építésénél.A PCR folyamatban, amikor a pipetta hegye felszívja és kifújja a folyadékot, és a PCR cső fedelét kinyitják, aeroszol képződik.Az aeroszol által hordozott DNS-molekulákat (egy aeroszol több tízezer DNS-t hordozhat) nehéz eltávolítani, mert lebegnek a levegőben.A PCR-kísérletek következő körének bevezetése után elkerülhetetlenül előfordulnak hamis pozitív eredmények.
Amint az alábbi ábrán látható, a negatív kontroll is felerősítette a megfelelő érdeklődési sávot:
A PCR szennyezés és megelőzés című számának első részét itt mutatjuk be.A következő számban megjelenik a „PCR-termékek szennyeződésének megelőzése” című második rész, úgyhogy maradj velünk!
Feladás időpontja: 2017. július-25
